Variasi Gen COI Pseudococcidae pada Tanaman Hias Berdasarkan Metode RFLP In Silico
DOI:
https://doi.org/10.26740/lenterabio.v14n2.p288-294Kata Kunci:
AluI, BspHI, enzim restriksi, hama daun, kutu putihAbstrak
Tanaman hias rentan terhadap serangan hama yang berpengaruh menurunkan kualitas dan kuantitas tanaman, salah satunya dari famili Pseudococcidae. Pseudococcidae memiliki banyak spesies yang menyerang berbagai jenis tanaman karena adanya variasi genetik. Metode deteksi hama Pseudococcidae diperlukan untuk mengembangkan metode pencegahan dan penanganannya. Tujuan penelitian adalah menganalisis variasi genetik famili Pseudococcidae berdasarkan gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) menggunakan metode Random Fragment Length Polymorphism (RFLP) secara in silico, sehingga dapat menjadi informasi dasar untuk penelitian selanjutnya terkait pengendalian hama melalui pendekatan genetik. Metode yang diterapkan adalah skrining kandidat enzim restriksi untuk membandingkan pola restriksi sampel sekuens DNA yang diuji. Selanjutnya dilakukan uji RFLP secara in silico untuk menganalisis sekuens nukleotida menggunakan enzim restriksi tertentu sehingga diperoleh hasil polimorfisme berupa perbedaan panjang fragmen restriksi. Hasil penelitian menunjukkan adanya variasi genetik (polimorfisme) pada situs pengenalan restriksi AluI (alel A1, A2, A3, A4, A5, A6, dan A7) dan BspHI (alel B1 dan B2) pada 12 sekuens gen COI di PopSet: 262216777. Penelitian ini menunjukkan bahwa enzim restriksi AluI dan BspHI mampu mengidentifikasi variasi genetik pada gen COI dari famili Pseudococcidae. Informasi ini dapat membantu mengidentifikasi jenis-jenis Pseudococcidae dan berkontribusi dalam pengendalian hama Pseudococcidae pada tanaman hias.
Referensi
Achyar A, Hindayageni A, Humaira F, Wijaya NN, Aqsha N, and Zultsatunni’mah Z, 2021. Analysis of genetic variations in poly gene sequences in Dengue Virus 2 Using In-Silico RFLP. Bioscience, 5(1): 80-86.
Anantyarta P, 2017. Identifikasi variasi genetik kerbau (Bubalus bubalis) Pacitan dan Tuban berbasis mikrosatelit. Bioeksperimen. Jurnal Penelitian Biologi, 3(1): 11–27.
Ashfaq M, Noor AR, and Mansoor S, 2010. DNA-based characterization of an invasive mealybug (Hemiptera: Pseudococcidae) species damaging cotton in Pakistan. Applied Entomology and Zoology, 45(3): 395-404.
Azizah SN, Nuryanto A, Pramono H, 2015. Karakterisasi molekuler ikan gurami soang (Osphronemus goramy Lac.) berbeda ukuran menggunakan PCR-RFLP Gen Sitokrom C Oksidase 1. Biosfera, 32(3): 185-193.
Bucklin A, Frost BW, Bradford-Grieve J, Allen LD, and Copley NJ, 2003. Molecular systematic and phylogenetic assessment of 34 Calanoid copepod species of the Calanidae and Clausocalanidae. Marine Biology, 142(2): 333-343.
Cavalieri V, Mazzeo G, Garzia GT, Buonocore E, and Russo A, 2008. Identification of Planococcus ficus and Planococcus citri (Hemiptera: Pseudococcidae) by PCR-RFLP of COI gene. Zootaxa, 65-68.
Dunham RA, 2004. Aquaculture and Fisheries Biotechnology Genetic Approaches. USA: Department of Fisheries and Allied Aquacultures Auburn University Alabama.
Girija M, and Dhanavel D, 2015. Mutagenic effectiveness and efficiency of gamma rays, ethyl methane sulfonate, and their combine treatments in cowpea (Vigna unguiculata L. Walp). Global Journal of Molecular Science, 4(2): 68-75.
Hasanah N, Violita V, and Achyar A. 2023. Analysis of genetic variations in bHLH Protein (Rc) gene sequences in rice (Oryza) NCBI PopSet 2496581476 using In-Silico RFLP. Tropical Genetics, 3(2): 60-65.
Hebert PDN, Cywinska A, Ball SL, de Waard JR. 2003. Biological identifications through DNA barcodes. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 270:313-321.
Husain I, Purwito A, Husni A, and Mutaqin KH, 2016. Evaluasi keragaman genetik mutan harapan generasi MV1 jeruk keprok SoE (Citrus reticulata Blanco) berdasarkan penanda morfologi dan ISSR. Jurnal Hortikultura Indonesia, 7(2): 102-110.
Iza N, 2017. Frekuensi alel, heterozigot dan migrasi alel pada populasi etnis Jawa dan Madura di Malang dan Madura, Jawa Timur, Indonesia. Jurnal Ilmiah Sains, 17(1): 43 – 50.
Kanaya ON, and Achyar A, 2023. Analisis variasi genetik sekuen gen PHT1 pada Padi (Oryza sativa) NCBI Popset 240028097 Menggunakan RFLP Secara In Silico. Serambi Biologi, 8(1): 5-9.
Kilmaskossu A, 2009. Fragmentasi mtDNA mambruk cristata dan victoria oleh beberapa enzim restriksi. Natural, 8(1): 12-16.
Lestari P, 2016. Studi Tanaman Khas Sumatera Utara yang Berkhasiat Obat. Jurnal Farmanesia, 3(1): 11-21.
Marianah, L. 2020. Serangga vektor dan intensitas penyakit virus pada tanaman cabai merah. AgriHumanis: Journal of Agriculture and Human Resource Development Studies, 1(2), 127-134.
Maylinda S, Susilorini TE, and Surjowardojo P, 2015. Polimorfisme genetik pada lokus Acaca dan hubungannya dengan penampilan produksi pada induk kambing peranakan Ettawa. Journal of Life Science, 2(1): 16-22.
Megawati S, Pratiwi D and Khaerunnisa, L. 2016. Studi in silico senyawa alkaloid dari bunga tapak dara (Catharanthus roseus (L) G.Don) pada reseptor estrogen beta sebagai antikanker payudara. Farmagazine: 3(1)
Monawati A, Rhomadhoni D, Hanik NR, 2021. Identifikasi hama dan penyakit pada tanaman anggrek bulan (Phalaenopsis amabilis). Florea: Journal Biologi dan Pembelajarannya, 8(1): 12-21.
Nei M, 1987. Molecular Evolutionary Genetics. New York: Columbia University Press.
Ningsih EY, Faiqoh E, Astarini IA, Pertiwi PD, Sembiring A, Yusmalinda NLA, Malik MDA, 2021. Identifikasi dan keanekaragaman genetik longtail tuna (Thunnus tonggol) yang didaratkan di PPI Kedonganan dan PPP Muncar menggunakan marka D-loop Mitokondria. Journal of Marine and Aquatic Science, 7(1): 94-102.
Oyarieme HW, Otiti J, Obros O, 2019. A Review on genetic variations within and between populations: a population genetic perspective. American Research Journal of Biosciences, 9(1): 1-10.
Pandin DS, 2010. Penanda DNA untuk pemuliaan tanaman kelapa (Cocos nucifera L.). Perspektif, 9(1): 21–35.
Parikesit AA, Dito A, and Riza AP, 2017. Pemanfaatan bioinformatika dalam bidang pertanian dan kesehatan. E-Journal Menara Perkebunan, 85(2), 105-115.
Pratomo AG, Andri KB, 2013. Aspek sosial ekonomi dan potensi agribisnis bunga krisan di Kabupaten Pasuruan Jawa Timur. Jurnal Hortikultura Indonesia, 4(2): 70-76.
Puig AS, Wurzel S, Suarez S, Marelli JP, and Niogret J, 2021. Mealybug (Hemiptera: Pseudococcidae) species associated with cacao mild mosaic virus and evidence of virus acquisition. Insects, 12(11): 994.
Rahmadani A, Mardhiansyah M, Darlis VV, 2021. Uji konsentrasi ekstrak daun bintaro (Cerbera manghas) terhadap hama kutu putih (Paracoccus marginatus) pada pembibitan ekaliptus (Eucalyptus pellita) PT. Arara Abadi Distrik Sorek. JOM FAPERTA, 8.
Rell F, Widyastuti SK, and Wandia IN, 2013. Polimorfisme lokus mikrosatelit D10S1432 pada populasi monyet ekor panjang di Sangeh. Jurnal Ilmu dan Kesehatan Hewan, 1(1):16-21.
Rung A, Miller DR, and Scheffer SJ, 2009. Polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism method to distinguish three mealybug groups within the Planococcus citri-P. minor Species Complex (Hemiptera: Coccoidea: Pseudococcidae). Journal of Economic Entomology, 102(1): 8–12.
Sartiami D, Riyadi S, Desmawati, Susetyo HP, Mulyaman S, Chalid NL, Railan M, Ramadani S, Azhar A, 2011. Pedoman Pengenalan dan Pengendalian Kutu-Kutuan pada Tanaman Florikultura. Jakarta (ID): Direktorat Jenderal Hortikultura.
Sumartayasa IWA, Yuliadhi KA, and Sumiartha IK, 2021. Presentase dan intensitas serangan hama kutu putih (Paracoccuss marginatus) yang menyerang tanaman Adenium spp. di Kota Denpasar. Nandur, 1(3): 105–111.
Trianto M, Dirham, Nuraini, Sukmawati, 2020. Spesies kutu tanaman pada tanaman hias di Kecamatan Martapura, Kalimantan Selatan. Journal of Biology Science and Education, 8(2): 655-663.
Wahyuni RE, 2015. Perancangan sistem pakar identifikasi penyakit dan hama tanaman anggrek dengan metode certainty factor. Jurnal Sistem dan Teknologi Informasi, 3(1): 77-81.
Wang JF, Jiang LY, and Qiao GX, 2011. Use of A mitochondrial COI sequence to identify species of the subtribe Aphidina (Hemiptera, Aphididae). Zookeys, 122 (2011): 1-17.
Wang YS, Zhou P, Tian H, Wan FH, and Zhang GF, 2018. First record of the invasive pest Pseudococcus jackbeardsleyi (Hemiptera: Pseudococcidae) on the Chinese mainland and its rapid identification based on species-specific polymerase chain reaction. Journal of Economic Entomology, 111(5): 2120-2128.
Xi Y, Yan W, Liu K, Cai B, Wu S, 2024. Rapid identification of tropical important mealybugs based on a multiplex PCR Assay. Agronomy, 14(2), 2786.
Yeriska F, Umar MZ, Hijriaj NW, Fadhlurrohman R, Achyar A, 2021. Analisis variasi genetik sekuen gen pengkode protein spike virus MERS-CoV (PopSet : 1843801421) menggunakan RFLP secara in silico. Prosiding Seminar Nasional Biologi 2021, 1(2): 898-906.
Yunianti R, Sastrosumarjo S, Sujiprihati S, Surahman M, Hidayat SH. 2007. Ketahanan 22 genotipe cabai (Capsicum spp.) terhadap Phytophthora capsici Leonian dan keragaman genetiknya. Jurnal Agronomi Indonesia (Indonesian Journal of Agronomy), 35(2): 103-111.
Zulfahmi, 2013. Penanda DNA untuk analisis genetik tanaman. Jurnal Agroekoteknologi, 3(2): 41-52.
Unduhan
Diterbitkan
Cara Mengutip
Terbitan
Bagian
Lisensi
Hak Cipta (c) 2025 LenteraBio : Berkala Ilmiah Biologi
Artikel ini berlisensi Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.
Hak Cipta (c) LenteraBio: Berkala Ilmiah Biologi
Karya ini dilisensikan di bawah Lisensi Internasional Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0.
Pemberitahuan Hak Cipta.
Hak cipta dari artikel yang diterima untuk diterbitkan akan diberikan kepada jurnal sebagai penerbit jurnal. Hak cipta yang dimaksud meliputi hak untuk menerbitkan artikel dalam berbagai bentuk (termasuk cetak ulang). Jurnal mempertahankan hak penerbitan atas artikel yang diterbitkan.
Abstract views: 84
,
PDF Downloads: 49
