Optimasi Metode Nested PCR untuk Deteksi Vibrio parahaemolyticus AHPND pada Udang Vaname (Litopenaeus vannamei)

Abstrak

Budidaya udang vaname memiliki risiko tinggi terjangkit penyakit, salah satunya Acute Hepatopancreatic Necrosis Disease (AHPND) yang disebabkan oleh Vibrio parahaemolyticus strain AHPND. Penyakit ini sangat menular dan memiliki angka kematian hingga 100%. Deteksi dini diperlukan untuk memprediksi penyebaran dan mengurangi risiko kegagalan produksi. Deteksi dapat dilakukan menggunakan metode AP4 nested PCR, namun masih banyak hasil PCR yang kurang optimal sehingga perlu dilakukan optimasi metode. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui konsentrasi primer dan suhu annealing yang optimal untuk deteksi V. parahaemolyticus strain AHPND pada udang vaname pada metode AP4 nested PCR. Tahapan penelitian meliputi ekstraksi DNA, amplifikasi, dan elektroforesis. Pada amplifikasi dilakukan optimasi konsentrasi primer (2,5 μM, 5 μM  dan 10 μM ) dan suhu annealing (53°C, 58°C dan 63°C). Hasil amplifikasi pada setiap perlakuan memperoleh pita dengan ukuran 230 bp, tidak terdapat smear, primer dimer dan mispriming, namun memiliki variasi ketebalan yang berbeda. Pada suhu annealing 58°C dan konsentrasi primer 5 μM diperoleh hasil terbaik berupa pita yang paling tebal dan tunggal dibandingkan pada perlakuan yang lain. Berdasarkan hasil tersebut, dapat disimpulkan bahwa metode AP4 nested PCR terbaik adalah menggunakan suhu annealing 58°C dan konsentrasi primer 5 μM.