Isolasi dan Identifikasi Molekuler Bakteri Indegenous Limbah Cangkang Kerang Darah di Pantai Kenjeran, Surabaya
DOI:
https://doi.org/10.26740/lenterabio.v13n3.p%20476-484Kata Kunci:
gen 16S rRNA, kitinolitik, ekosistem pesisir pantai, identifikasi, limbah cangkang kerangAbstrak
Kitinase merupakan salah satu senyawa yang keberadaannya cukup melimpah di alam. Sumber kitinase dapat ditemukan pada beberapa spesies bakteri dengan aktivitas kitinolitik. Bakteri yang diisolasi diperoleh dari cangkang kerang darah (Anadara granosa) yang dikumpulkan dari sekitar Pantai Kenjeran, Surabaya, Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi bakteri kitinolitik unggul pada limbah cangkang kerang dengan menggunakan metode identifikasi molekuler berdasarkan gen 16S rRNA. Bakteri diisolasi dengan kultur bakteri pada media selektif kitin dan dilakukan seleksi untuk menentukan isolat yang memiliki aktivitas kitinolitik tertinggi dengan melakukan pengamatan dan mengukur perbandingan zona bening (clear zone) yang terbentuk. Proses identifikasi secara molekuler dilakukan menggunakan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction) dan sekuensing. Hasil sekuensing dianalisis secara in silico dengan membuat rekonstruksi pohon filogenetik melalui aplikasi MEGA 11. Data yang didapatkan kemudian dianalisis dengan membandingkan nilai similaritas dan jarak genetik antar sekuens. Delapan bakteri kitinolitik berhasil diperoleh, dimana dua isolat yang berasal dari daerah pesisir terindikasi memiliki indeks kitinolitik tertinggi yaitu 0,50 dan 0,71. Berdasarkan hasil pengamatan morfologi koloni, analisis molekuler menggunakan Basic Local Alignment Search Tools (BLAST), dan rekonstruksi pohon filogenetik menggunakan metode maximum likelihood (ML), kedua isolat tersebut teridentifikasi masuk dalam genus Bacillus dan Stenotrophomonas.
Referensi
Afiuddin AE and Novitrie NA, 2017. Studi Efektivitas Aplikasi Atap Rumah untuk Produksi Air Tawar dengan Metode Desalinasi Evaporasi. In Seminar MASTER PPNS; 2(1): 129-132.
Ahmad I, 2017. Utilization of Waste Shells of Blood (Anadara granosa) as Abrasive Ingredients in Toothpaste. Jurnal Galung Tropika; 6(1): 49-59.
Alamsjah MA. Sinatryani D, Sudarno S and Pursetyo KT, 2014. The Total of Cellulolytic Bacteria in Gunung Anyar Surabaya and Bancaran Bangkalan Estuaries. Jurnal Ilmiah Perikanan dan Kelautan; 6(2): 143-148.
Buwono ID and Grandiosa R, 2021. Characterization of chitinolytic bacteria isolated from shrimp and crab waste producing chitinase and anti-fungal enzymes to overcome saprolegniasis in aquaculture. International Journal of Fisheries and Aquatic Studies; 9(1): 240-246.
Buwono, Wahyuni and Grandiosa, 2013. Karakterisasi Molekuler Gen Penyandi Kitinase Bakteri Asal Limbah Udang dan Kepiting Sebagai Anti-Saprolegnia. Konferensi akuakultur Indonesia.
Chen X, Chen J, Shen Y, Bi Y, Hou W, Pan G and Wu X, 2019. Transcriptional responses to low-salinity stress in the gills of adult female Portunus trituberculatus. Comparative Biochemistry and Physiology Part D: Genomics and Proteomics; 29: 86-94.
Fitri L and Yasmin Y, 2011. Isolasi dan pengamatan morfologi koloni bakteri kitinolitik. Jurnal Ilmiah Pendidikan Biologi; 3(2): 20-25.
Fitriani V, Maizeli A and Megahati RRP, 2018. Isolation And Identification Of Penicillin Acylase Producing Bacteria Originated From Cow Intestine. International Journal of Scientific and Research Publication; 8(3): 187-190.
Gaffar S and Sumarlin, 2020. Analisis Sekuens mtDNA COI Pari Totol Biru yang Didaratkan di Tempat Pendaratan Ikan Kota Tarakan. Jurnal Harpodon Borneo; 13(2): 80-89.
Halimahtussadiyah R, Natsir M, Kurniawati D and Puspita S, 2017. Isolation and identification of chitinolytic bacteria of pohara river of south east sulawesi and the optimization production of chitinase enzyme. AIP Conference Proceeding; 1823(1): 020062-1-020062-7.
Kasi PD, Ariandi A and Tenriawaru EP, 2019. Identifikasi bakteri asam laktat dari limbah cair sagu dengan gen 16s rRNA. Majalah Ilmiah Biologi BIOSFERA: A Scientific Journal; 36(1): 35-40
Liu D. (Ed.), 2011. Molecular detection of human bacterial pathogens. CRC press.
Maria BS, Kalwasi?ska A, ?wi?tczak J, ?ero K and Jankiewicz U, 2020. Exploring the properties of chitinolytic Bacillus isolates for the pathogens biological control. Microbial Pathogenesis, 148: 104462.
Masri M, Sukmawaty E and Aditia L, 2021. Novel chitinolytic bacteria from the shrimp shell processing waste. Biodiversitas Journal of Biological Diversity; 22(5): 2672-2681.
Noer S, 2021. Identifikasi Bakteri secara Molekular Menggunakan 16S rRNA. EduBiologia: Biological Science and Education Journal; 1(1): 1-6.
Pamungkas SA, Puspita ID and Ustadi U, 2022. Effect of pH, Temperature and Type of Substrate on Chitinase Activity of Bacillus sp. RNT9. Saintek Perikanan: Indonesian Journal of Fisheries Science and Technology; 19(1): 29-39.
Pratiwi RS, Susanto TE, Wardani YAK and Sutrisno A, 2016. Chitinase and the Application in Industry: A Review. Jurnal Pangan dan Agroindustri; 3(3): 878-887.
Purkan P, Baktir A and Sumarsih S, 2014. Eksplorasi bakteri kitinolitik dari sampah organik: isolasi dan karakterisasi enzim kitinase. Molekul; 9(2): 128-135.
Rizal S, Dewi N, Melinda S, 2019. Pengaruh Jamur Trichoderma sp terhadap Pertumbuhan Tanaman Tomat (Solanum lycopersicum L.). Indobiosains.
Soeka YS and Sulistiani S, 2012. Seleksi, karakterisasi, dan identifikasi bakteri penghasil kitinase yang diisolasi dari gunung Bromo Jawa Timur. Jurnal Natur Indonesia; 13(2): 155-161.
Syah MA, 2022. Isolasi dan Karakterisasi Molekuler Gen 16S rRNA Bakteri Lipolitik Asal Limbah Kulit Biji Jambu Mete. Jurnal Sumberdaya Hayati; 8(1): 20-26.
Waling NA, Sritamin M and Wijaya IN, 2021. Isolasi dan Identifikasi Bakteri selulolitik Pada Buah Kopi Arabika (Coffea arabica L.). Nandur; 1(3): 130-138.
Wulansari DF and Kuntjoro S, 2018. Keanekaragaman gastropoda dan peranannya sebagai bioindikator logam berat timbal (Pb) di Pantai Kenjeran, Kecamatan Bulak, Kota Surabaya. Lentera Bio; 7(3): 241-247.
Unduhan
Diterbitkan
Cara Mengutip
Terbitan
Bagian
Lisensi
Hak Cipta (c) 2024 LenteraBio : Berkala Ilmiah Biologi
Artikel ini berlisensi Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.
Hak Cipta (c) LenteraBio: Berkala Ilmiah Biologi
Karya ini dilisensikan di bawah Lisensi Internasional Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0.
Pemberitahuan Hak Cipta.
Hak cipta dari artikel yang diterima untuk diterbitkan akan diberikan kepada jurnal sebagai penerbit jurnal. Hak cipta yang dimaksud meliputi hak untuk menerbitkan artikel dalam berbagai bentuk (termasuk cetak ulang). Jurnal mempertahankan hak penerbitan atas artikel yang diterbitkan.
Abstract views: 266
,
PDF Downloads: 156
