Identifikasi Secara Fenotipik dan Genomik Isolat Bakteri Potensial Pendegradasi Herbisida Glifosat dari Rhizosfer Cabai Rawit

Abstrak

Bakteri merupakan salah satu agen bioremediasi untuk mengatasi pencemaran di lahan pertanian. Bakteri memiliki kemampuan mendegradasi senyawa kontaminan. Isolat bakteri CF6 merupakan isolat bakteri rhizosfer dari tanah pertanian cabai rawit yang berpotensi mampu mendegradasi herbisida glifosat. Namun, perlu diidentifikasi untuk diaplikasikan sebagai agen bioremediasi dan dipahami pengaruhnya terhadap ekosistem. Tujuan penelitian ini adalah mengidentifikasi secara fenotipik dan genomik isolat bakteri rhizosfer yang berpotensi sebagai pendegradasi herbisida glifosat sehingga dapat diaplikasikan lebih lanjut. Metode identifikasi secara fenotipik terdiri dari uji motilitas, pewarnaan gram, katalase, sitrat, urease, endospora, Voges-Proskauer, produksi indol, methyl red, pertumbuhan pada 5% NaCl, dan uji reduksi gula. Metode identifikasi secara genomik terbagi empat tahap, yaitu isolasi DNA, amplifikasi gen 16S rRNA, elektroforesis, dan sekuensing gen 16S rRNA. Analisis data dari hasil uji fenotipik secara numerik menggunakan NTSys 2.11a dan hasil uji genomik menggunakan MEGA11. Hasil dendrogram dalam penelitian ini menunjukkan isolat bakteri CF6 termasuk dalam satu klad dengan bakteri-bakteri anggota genus Klebsiella. Sedangkan hasil analisis BLASTn menunjukkan isolat uji CF6 memiliki kesamaan sekuen gen 16S rRNA dengan Klebsiella quasipneumoniae sebesar 98,62%. Dari hasil kedua metode identifikasi tersebut dapat disimpulkan bahwa isolat bakteri CF6 adalah bakteri K. quasipneumoniae. Aspek patogenitas dan laju degradasi bakteri tersebut perlu diuji sebelum diimplementasikan.