Potential of Chromodoris Compounds as In Silico Receptor Binders for SARS-CoV-2

Abstract

Meluasnya wabah penyakit Covid-19 saat ini disebabkan sindrom pernapasan akut SARS-CoV-2. Permasalahan yang timbul penyakit infeksi Covid-19 adalah belum ditemukan obat antivirus yang ampuh. Upaya potensial untuk mengatasinya dengan mencari senyawa bioaktif dari invertebrata laut, diantaranya Nudibrachia pada Genus Chromodoris yang kaya senyawa bioaktif, misalnya Chromodorolide A. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis bioaktivitas senyawa Chromodorolide A dari Genus Chromodoris terhadap reseptor 6VXX sebagai reseptor Covid-19. Penelitian ini menggunakan pendekatan uji in silico, yaitu dengan molecular docking senyawa Chromodorolide A, senyawa aktif lainnya yang terkandung dalam Chromodoris spp. serta antivirus Favipiravir terhadap reseptor protein target 6VXX sebagai target penyakit SARS-CoV-2. Analisis hasil molecular docking menggunakan perangkat lunak yaitu PyRx 0.8 dan PyMol. Hasil molecular docking menunjukkan efektivitas senyawa Chromodorolide A secara in terhadap reseptor 6VXX memeroleh skor paling optimal dengan skor binding affinity -6,7 kcal/mol dan skor RMSD 2,243 Å jika dibandingkan dengan Inorolide A, Latrunculin A dan Favipiravir serta menunjukkan adanya bioaktivitas interaksi ikatan hidrogen dengan panjang ikatan 1,9 Å dan 2,4 Å yang lebih stabil jika dibandingkan dengan senyawa Favipiravir. Oleh karena itu, Chromodorolide A berpotensi sebagai sumber bioaktif untuk mengatasi penyakit infeksi virus yang disebabkan oleh SARS-CoV-2.

The current spread of the Covid-19 disease outbreak is due to the SARS-CoV-2 acute respiratory syndrome. The problem with Covid-19 infection is that no effective antiviral drug has been found. Potential efforts to overcome this by finding bioactive compounds from marine invertebrates, including Nudibrachia in the Genus Chromodoris which are rich in bioactive compounds, such as Chromodorolide A. This study aims to analyze the bioactivity of Chromodorolide A compounds from the Genus Chromodoris against 6VXX receptors as Covid-19 receptors. This study used an in silico test approach, namely by molecular docking the Chromodorolide A compound, another active compound contained in Chromodoris spp. as well as the antiviral Favipiravir against the 6VXX target protein receptor as a target for SARS-CoV-2 disease. Analysis of molecular docking results using software, namely PyRx 0.8 and PyMol. The molecular docking results showed the effectiveness of the Chromodorolide A compound in the 6VXX receptor obtaining the most optimal score with a binding affinity score of -6.7 kcal / mol and an RMSD score of 2.243 Å when compared to Inorolide A, Latrunculin A and Favipiravir and showing the presence of hydrogen bond interaction bioactivity. with bond lengths of 1.9 Å and 2.4 Å which are more stable when compared to the compound Favipiravir. Therefore Chromodorolide A has the potential as a bioactive source to treat viral infectious diseases caused by SARS-CoV-2.